Tout d'abord, l'éleveur va chercher les vaches au pré ou dans la stabulation et il les regroupe dans l'aire d'attente. Cette aire est un espace où les vaches attendent leur tour pendant que d'autres vaches se font traire dans la salle de traite en épi qui comporte 2 x 10 postes.
La traite se fait deux fois par jour : 4 h 45 et 16 h 15.

L'atelier  fromager implique d'avoir un lait de très bonne qualité, pour limiter tous risques de contamination du consommateur. C'est pour cela qu'une grande attention est apportée à l'hygiène de la traite. Les trayons sont d'abord nettoyés avec un produit désinfectant, sous forme de mousse, puis lavé avec une lavette individuelle. Ensuite, l'éleveur remet du produit désinfectant puis essuie le trayon avec de l'essuie pis.
L'éleveur dépose ensuite la griffe sur les trayons de la vache. La traite d'une vache dure en moyenne 3 minutes, mais certaines vaches sont plus longues que d'autres.
Le décrochage automatique en salle de traite permet aux griffes de se décrocher seules lorsque la vache ne donne plus de lait. Cependant, après la traite, un produit de trempage est appliqué sur les trayons, celui ci dépose un film protecteur sur le trayon jusqu'à la traite suivante.
La salle de traite, la laiterie, ainsi que le matériel de traite sont lavés deux fois par jour.
 
Pendant la traite, l'éleveur récupère un certain nombre de litres de lait nécessaire pour nourrir les veaux, le reste du lait va directement dans la cuve où il sera ensuite transformé pour obtenir le Saint Nectaire.

La qualité du lait produit dépend de la nourriture que l'éleveur fournit. Plus son alimentation sera variée et riche en éléments nécessaires à la vache, plus celle ci produira du bon lait. Au printemps et en été, les vaches vont au pré et dégustent l'herbe qui poussent sur les prairies. En automne et en hiver, les vaches restent à l'abri dans la stabulation. Elles sont alors nourries avec du foin récolté les mois précédents, l'éleveur leur donne aussi des aliments concentrés pour compléter la ration.
Comme les prairies évoluent avec les saisons, le lait produit n'est donc pas le même en novembre et en août, par exemple. De plus, comme dans chaque région, les prairies sont différentes, les vaches ne produisent pas le même lait d'un endroit à l'autre. C'est ce qui permet notamment de fabriquer tant de fromages différents.